В рамках научно-исследовательской деятельности, осуществляемой коллективом ОмГАУ, предложен комплекс инновационных подходов к трансформации отходов аграрного сектора — в частности, бесподстилочного навоза, птичьего помёта и соломы злаковых культур — в высокоэффективные органогенные удобрения пролонгированного действия, обеспечивающие восстановление естественного плодородия почвенных горизонтов. Экологически безопасная переработка отходов животноводческих комплексов на территории Омской области исследуется в контексте выполнения программных мероприятий национального проекта, направленных на снижение антропогенной нагрузки на агроландшафты.
Для нужд органического земледелия сотрудниками Омского ГАУ разработаны методологически обоснованные способы расчёта нормативов внесения органических удобрительных материалов (включая помёт, навоз, солому), позволяющие оптимизировать утилизацию отходов как животноводческого, так и растениеводческого происхождения. Помимо этого, предложены технологии применения бактериальных удобрений на основе аборигенных штаммов микроорганизмов и физиологически активных регуляторов роста растений.